Un jeune garçon de 15 ans, Shirô Kamui, décide d'accomplir les dernières volontés de sa mère en retournant à Tôkyô, qu'il avait quitté six ans auparavant. Sa destinée l'y attend de pied ferme, paraît-il. À peine est-il arrivé qu'il devient la proie de mystérieux agresseurs qui semblent convoiter ses formidables pouvoirs.
Le retour de Kamui dans la capitale nippone est une véritable introspection, un voyage à l'intérieur d'un passé enfouit au plus profond d'un cœur qui semble avoir cessé de battre au rythme des émotions. C'est surtout la découverte d'une terrible destinée... Le mystérieux pouvoir dont dispose Kamui lui a été confié afin de déterminer le sort de la Terre, le " jour de la promesse " en 1999.
Il se retrouve très vite confrontés aux Dragons du Ciel et aux Dragons de la Terre, qui attendent de lui qu'il choisissent un camp. Que décidera-t-il ? Kamui est-il le Messie tant attendu ?
Notre planète va mal. Elle se désagrège et meurt petit à petit sous nos yeux, sans que l'Homme n'en ait conscience. Mais cela ne durera peut-être pas éternellement car l'avenir de ce monde doit se décider en 1999…
il existe à travers le monde de nombreuses personnes dotées de pouvoirs surnaturels, qui savent maitriser le feu, le vent, la foudre ou d'autres encore... Elles ont des souhaits différents et vont se répartir en deux groupes : les Sceaux (Dragons du Ciel) et les Emissaires (Dragons de la Terre).
Les premiers tenteront de protéger l'humanité et le monde tel qu'il existe aujourd'hui, tandis que les derniers vont tenter de tout détruire pour sauver la planète, souillée par l'Homme.
Le théatre de cet affrontement sera la ville de Tokyo, qui sert de kekkaï (barrière) à notre monde. Un jeune homme décidera de l'avenir du monde "Kamui", dont le nom explique la mission :
1. Celui qui représente la majesté de Dieu (protéger les Hommes).
2. Celui qui pourchasse la majesté de Dieu (détruire les Hommes).
Il devra choisir un camp et affronter l'autre groupe pour voir son souhait se réaliser : préserver l'humanité ou amener le changement.